Auto wciąż ma doładowany sprężarką 2-litrowy motor Hondy, znany przede wszystkim z Civica Type-R. W nowej odmianie Atoma rozwija on jednak znacznie większą moc, niż w standardzie. 3.5R osiąga 355 KM (350 hp, 45 hp więcej niż w 3.5). Producent przeprowadził również redukcję masy oraz poprawił zawieszenie auta.
Moc przekazywana jest na koła przez sekwencyjną, 6-biegową przekładnię Sadev, znaną z Atoma V8. Cena odmiany 3.5R wynosi 97 tys. euro.